Un hecho de tanta importancia para la consolidación de un pueblo como la instauración de una parroquia se dio en Frigiliana en fecha temprana. La Iglesia parroquial de Santa María y la de San Juan, hoy desaparecida, se fundaron en 1505, y atendían a Frigiliana y su anexo Nerja, según consta en la Institución de las parroquias y beneficios de la Diócesis de Málaga, hecha por el arzobispo de Sevilla Diego de Deza a instancias de la Reina Isabel la Católica.