La más antigua ocupación documentada hasta el momento en el entorno de Frigiliana corresponde al establecimiento prehistórico de la Cueva de Nerja, en el que se han hallado materiales pertenecientes, como hemos dicho, al Paleolítico Superior, con la antigüedad citada de unos 25.000 años.
Dada la cercanía de Frigiliana a la Cueva de Nerja, a solo 5 kilómetros en línea recta, los arqueólogos e historiadores han trabajado sobre la presencia paleolítica en la misma Frigiliana, sin que esta hipótesis se haya podido contrastar, hasta el momento, con una evidencia arqueológica. A pesar de esta limitación, teniendo en cuenta que para entender la percepción del territorio durante la prehistoria es necesario prescindir de las divisiones actuales en municipios, provincias, etc., habría que admitir que Frigiliana fue también parte del hábitat habitual de los moradores de la Cueva de Nerja.