La Ermita de San Sebastián es otro lugar de valor histórico que nos permite explicar la herencia cristiana de esta Villa, aunque de su arquitectura original poco nos haya llegado, ya que fue destruida en gran parte durante la Guerra Civil. El edificio de la actual ermita de San Sebastián es una reconstrucción, remodelada después en 2003, que permite en cualquier caso perpetuar el culto a este santo de tanta veneración en Frigiliana. La ermita se encuentra justo al lado del cementerio, cuyo acceso comparten ambos bajo un pórtico con arcos de medio punto sobre pilares y cubierta a cuatro aguas con artesanado interior de madera. Una estructura que recuerda por su simpleza y pureza de volúmenes a las qubas de los santones andalusíes.
Este fue edificado en 1791, en un paraje que en aquellos momentos estaba a las afueras del pueblo, en la extensión de la calle San Sebastián. Durante los primeros años después de su construcción no se utilizó, porque seguía en funcionamiento el antiguo cementerio parroquial. Pero, como hemos, visto, las calamidades de principios del siglo XIX (peste, etc.) propiciaron su uso como campo santo. La parte más antigua se encuentra al este, coincidiendo con la línea de la cabecera de la ermita que está anexa.