En momentos más avanzados de la Prehistoria, ya durante el Neolítico, es cuando el hombre comienza a domesticar a los animales y a cultivar las tierras. Ya no es el depredador nómada del Paleolítico, sino que reconoce un territorio propio, del que se aprovecha sistemáticamente. Con dataciones del Neolítico Final, encontramos en Frigiliana un yacimiento que nos permite conocer una evolución que comenzó hace, aproximadamente, unos 5.500 años, la Cueva de los Murciélagos. Este yacimiento es conocido desde hace décadas por los expoliadores que han arrasado buena parte de su contenido arqueológico durante años. Finalmente, antes de su total destrucción, fue excavada en 1987 por un grupo de arqueólogos, quienes identificaron la primera secuencia prehistórica de Frigiliana. Podríamos decir que aquí se encuentra el origen del pueblo de Frigiliana, ya que el yacimiento se localiza al otro lado del río Higuerón, a escasas decenas de metros del casco urbano. Un río que para los investigadores es un factor decisivo en el asentamiento en estas tierras, ya que les permitía aprovechar sus recursos con facilidad, sobre todo agua y alimento abundante.
Para que nos hagamos una idea de su antigüedad, los primeros pobladores de Frigiliana fueron contemporáneos de la construcción de las primeras mastabas o tumbas para los faraones y mandatarios de la cultura egipcia. En nuestra provincia, serían anteriores a la construcción de los famosos dólmenes de Menga, Viera y el Romeral, en Antequera.
Con el paso del tiempo, los pobladores de la zona empezaron a trabajar los minerales para extraer metales, práctica que ha dado nombre a una serie de periodos, que comienzan con el Calcolítico o Edad del Cobre. En estos siglos, a la par que se realizaban nuevos avances tecnológicos, su sociedad se hizo más compleja, al igual que ocurrió con sus formas de vida, los lugares donde habitaba, etc. Ahora el dominio del territorio es mucho mayor, las divisiones sociales se hacen más evidentes y las tierras se organizan según su propiedad. Como decimos, primero se trabajó el cobre, para cuyos momentos se conocen algunos restos en la misma Cueva de los Murciélagos, entre ellos una sepultura colectiva con varios cadáveres.